Guillaume Bourgogne étudie le saxophone à Lyon, sa ville natale, avant d’entrer au CNSMD de Paris où il obtient le diplôme de formation supérieure en direction d’orchestre dans la classe de Janos Fürst. Aujourd’hui professeur à l'Université McGill (Montréal - Canada) et directeur artistique de l’ensemble de musique contemporaine de McGill, il est directeur musical de l’ensemble Cairn (Paris) aux côtés du compositeur Jérôme Combier et avec lequel il grave des disques récompensés par la critique : Pays de vent (Motus) et Vies silencieuses (æon) de Jérôme Combier, Lieu & Non-Lieux de Thierry Blondeau (æon) et Furia de Raphaël Cendo (æon).

Il est invité par des orchestres comme l’Orchestre Gulbenkian (Lisbonne), l’Orchestre Philharmonique de Séoul, l’Ensemble TIMF (Corée du sud), l’Orchestre National de Lille, l’Orchestre national Bordeaux-Aquitaine, l’Orchestre Régional de Normandie ou par des ensembles tels que Contrechamps (Genève), L’Ensemble Intercontemporain, Court-circuit, L’Itinéraire (Paris), L’Ensemble Orchestral Contemporain (Lyon) ou Linéa (Strasbourg). À la tête de ces orchestres, il donne des concerts dans les grands festivals mondiaux : Musica, Strasbourg ; Présences, Paris ; Manifeste, Paris ; Montréal Nouvelle Musique ; Tage für neue Musik, Zürich ; Märzmusik, Berlin ; Radar, Mexico ; Campos do Jordao festival (Brésil) ; Festival d’art lyrique, Aix-en-Provence ; Tongyeong International Music Festival (Corée) ; Musica Viva, Lisbonne ; Ars Musica (Belgique) ; Darmstadt Ferienkurse (Allemagne) ; Borealis (Norvège) ; Archipel, Genève ; Fondation Royaumont, etc.

Il a été chef principal de la Camerata Aberta (Sao Paulo - Brésil) de 2010 à 2014. Le disque Water mirror, reçoit le prix Bravo ! du meilleur disque de musique classique en 2012.Il est le fondateur et directeur artistique de l’ensemble Op.Cit, (Lyon), dont la ligne artistique atypique fait dialoguer musique composée et improvisation.